Air
Sejak didirikannya transportasi utama Samarinda melalui Sungai Mahakam yang membelahnya ditengah-tengah, pada tahun 1987 baru dibangun Jembatan Mahakam yang menghubungkan Samarinda kota dengan Samarinda Seberang. Selain itu sudah dibangun dan diresmikan pada 2009 Jembatan Mahakam Ulu atau Mahulu, Jembatan Mahkota II (dalam tahap konstruksi) dan Jembatan Mahkota III (tahap pembebasan lahan).Terdapat pelabuhan peti kemas yang berada di Jalan Yos Sudarso dan sekarang sedang dibangun pelabuhan baru yang terletak di kecamatan Palaran untuk menggantikan pelabuhan yang sekarang sudah tidak sesuai dengan kondisi kota. Pada tanggal 26 Mei 2010, pelabuhan baru tersebut selesai dibangun dan diresmikan dengan nama TPK Palaran dan saat ini dalam tahap uji coba.
Darat
Terdapat jalan darat yang menghubungkan kota Samarinda dengan Balikpapan ke selatan, kemudian Bontang dan Sangatta ke utara, jalan baru ke Tenggarong di arah barat laut serta ke Sanga-Sanga, Kutai Kartanegara melalui jalan tenggara yang tembus sampai ke Muara Jawa, Samboja dan Balikpapan.Saat ini sedang dibangun jalan bebas hambatan sejenis jalan toll namun tidak dikenakan tarif, yaitu freeway yang menghubungkan Samarinda dan Balikpapan dengan waktu tempuh 30 menit.